大多数息肉都可以在结肠镜下进行切除。结肠镜下进行息肉切除的主要并发症是出血，尤其是对有出血性疾病或口服阿司匹林或其他非甾体类解热镇痛药的患者更容易发生出血。如果服用抗凝血药物，为了避免切除部位的出血，应向医生质询是否需要提前停止服药。另一个并发症为肠穿孔，其发生率1%。穿孔严重时可能需要立即手术治疗。
然而对于一些生长在不利于肠镜下切除部位的，或者过大的息肉，需要行手术切除。此外由于右半结肠非常薄，因而这个部位的大的息肉行结肠镜下切除时发生结肠穿孔的风险较大，因而也需要开腹手术来切除息肉所在的肠段。
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